微生物檢測是運用微生物學的理論與方法，檢驗產品中微生物的種類、數量、性質及其對人的健康的影響，以判別是否符合質量標準的檢測方法。

檢測范圍：

醫藥微生物：藥品原料、藥品、中藥材、保健品等

水質微生物：純凈水、生活飲用、天然凈水、天然礦泉水、瓶桶裝飲用水及工業用水等

食品微生物：肉制品、蛋制品、糧食制品、水產制品、乳制品、飲料等

日用產品：化妝品、清潔護理用品、洗滌用品、一次性衛生用品、一次性醫療用品等

土壤微生物檢測：種植土、農業用地等

環境微生物：特定環境中微生物限度檢測等

檢測項目：

菌落總數、霉菌和酵母計數、大腸桿菌、沙門氏菌、志賀氏菌、大腸埃希氏菌、副溶血性弧菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、產氣莢膜梭菌、蠟樣芽孢桿菌、單增李斯特氏菌、雙歧桿菌、乳酸菌、罐頭商業無菌、阪崎腸桿菌、糞鏈球菌等其他指定微生物

檢測標準：

GB/T 38483-2020 微生物源抗生素類次生代謝產物抗細菌活性測定 抑菌圈法 

GB/T 38481-2020 微生物超低頻突變測定 雙重測序法

GB/T 38480-2020 微生物源抗生素類次生代謝產物抗真菌活性測定 菌絲生長速率法 

GB/T 38568-2020 工業微生物菌株生長表型測定 微液滴濁度法 

GB/T 38569-2020 工業微生物菌株質量評價 拉曼光譜法 

GB/T 38580-2020 微生物誘變育種技術規范

GB/T 38096-2019 微生物源抗生素類次生代謝產物殺線蟲活性測定 浸蟲法 

GB/T 37280-2019     熒光增白劑產品中微生物的測定 

GB/T 19973.2-2018  醫療器械的滅菌 微生物學方法 第2部分：用于滅菌過程的定義、確認和維護的無菌試驗  

GB/T 34224-2017 生物產品中功能性微生物檢測

GB/T 33682-2017 基質輔助激光解析電離飛行時間質譜鑒別微生物方法通則 

GB/T 32720-2016  土壤微生物呼吸的實驗室測定方法